Giai đoạn đầu

Pizarro bắt đầu sự nghiệp chơi bóng cho Santiago Wanderers ở Chile.

Đội bóng đầu tiên của Pizarro ở châu Âu là Udinese. Sau đó anh được đem sang cho Universidad de Chile mượn.

Anh đã thu được nhiều thành công cùng Udinese dưới sự dẫn dắt của huấn luyện viên Luciano Spalletti.

Inter Milan

Pizarro ký hợp đồng 4 năm cùng Inter Milan vào năm 2005 với mức giá 12 triệu Euro và quyền sở hữu 50% với Goran Pandev. Vào thời điểm đó, Pizarro cho biết sẽ kết thúc sự nghiệp trong màu áo Nerazzurri. Tuy nhiên, anh gặp rất nhiều khó khăn để có suất trong đội hình chính.

Trong mùa giải duy nhất cùng Inter, Pizarro vô địch Serie A (do vụ Scandal dàn xếp tỉ số), một Super Coppa Italia và một Copa Italia.

Roma

Vào tháng 8 năm 2006, anh đồng ý chuyển tới A.S. Roma với giá 6,5 triệu Euro theo một bản hợp đồng đồng sở hữu. Với những thành công đạt được trong mùa giải 2006-07, Roma cho biết sẽ trả thêm 5,75 triệu Euro cho Inter cho 3 mùa giải tiếp theo trong bản hợp đồng đồng sở hữu của Pizarro, người đóng vai trò quan trọng trong thành công của đội bóng. Khi ở Roma, Pizarro chơi vị trí tiền vệ trung tâm cùng Daniele De Rossi. Pizarro ký bản hợp đồng mới có thời hạn 3 năm với Roma vào tháng 10 năm 2009.